地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯饰）则继续从事MIB的工作。

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徐智受雇逸乐县富豪卢豪的胁迫，去杀害其弟弟卢朗。徐智趁卢朗不备，拔刀相向，两人扭打成一团，此时天降闪电，正好劈中二人，发生了神秘事件，二人身体互换了。徐智随卢朗的妻子周菲回到家中，想引诱卢朗出现，不料

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顾晓琴的工厂发生爆炸，一场大火夺取了车间99个人的生命，顾晓琴为救赎生命来到一片原始森林寻找“疯子”科学家发明的时间重启器，然而刚踏入丛林，野兽，陷阱，黑衣人的出现，让顾晓琴和队友接连死去。再次醒来的

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高、矮黑衣人的行动标志“梅花胸针”在打劫富家子弟李刚的过程中，高个黑衣人将行动标志“梅花胸针”遗失，被捡垃圾的犀利哥大麦捡到，大麦将这枚“梅花胸针”卖到饰品店，存在侥幸与碰运气的大麦去彩票店买彩票一搏